Agencijom za razvoj visokog obrazovanja i osiguranje kvaliteta rukovodi direktor.
Direktora i njegove zamjenike bira, nakon provedenog javnog konkursa, Vijeće ministara BiH.
Mandat direktora i njegovih zamjenika je četiri godine.
Direktor i zamjenici direktora ne mogu biti iz istog konstitutivnog naroda.
Vijeće Ministara Bosne i Hercegovne je na svojoj 47. sjednici održanoj 10.03.2016. godine, nakon provedenog javnog konkursa, donijelo Odluku o izboru i imenovanju direktora Agencije. Imenovan je:
Vijeće Ministara Bosne i Hercegovne je
na 60. sjednici održanoj 14.06.2016. godine, nakon provedenog javnog konkursa,
donijelo Odluku o izboru i imenovanju zamjenika direktora Agencije. Imenovani
su:
Zamjenici direktora: