Agencijom za razvoj visokog obrazovanja i osiguranje kvaliteta rukovodi direktor.
Direktora i njegove zamjenike imenuje, nakon provedenog javnog konkursa, Vijeće ministara BiH.
Mandat direktora i njegovih zamjenika je četiri godine.
Direktor i zamjenici direktora ne mogu biti iz istog konstitutivnog naroda.
Vijeće Ministara Bosne i Hercegovne je na svojoj 28. sjednici održanoj 24.02.2021. godine, nakon provedenog javnog konkursa, donijelo Odluku o izboru i imenovanju direktora i zamjenika direktora Agencije. Imenovani su:
Direktor:
Prof. dr Enes Hašić
Zamjenici direktora:
Stevo Škrbić
Irena Šiško