Prema Okvirnom zakonu o visokom obrazovanju, Agencija je nadležna za:
- utvrđivanje jasnih, transparentnih i pristupačnih kriterija za akreditaciju visokoškolskih ustanova i donošenje normi kojima se određuju minimalni standardi u području visokog obrazovanja;
- utvrđivanje kriterija za izbor domaćih i međunarodnih stručnjaka koji ocjenjuju i obavljaju reviziju kvaliteta te daju preporuke o akreditaciji visokoškolskih ustanova;
- davanje preporuka o kriterijima i standardima ministarstvu Republike Srpske, kantonalnim ministarstvima i Brčko Distriktu BiH za osnivanje i zatvaranje visokoškolskih ustanova, te za prestrukturiranje studijskih programa;
- davanje preporuka o kriterijima za licenciranje visokoškolskih ustanova i studijskih programa;
- davanje preporuke o najnižim školarinama za sve studente na akreditiranim visokoškolskim ustanovama, radi usklađivanja najnižih školarina u cijeloj Bosni i Hercegovini;
- davanje savjeta o politici rada i razvoja ministarstvu Republike Srpske, kantonalnim ministarstvima i Brčko Distriktu BiH;
- davanje savjeta i informacija o pitanjima iz svoje nadležnosti zainteresiranim strankama;
- utvrđivanje standarda kvaliteta, analiziranje kvaliteta, davanje preporuka radi otklanjanja nedostataka kvaliteta studija i visokoškolskih ustanova;
- predstavljanje Bosne i Hercegovine u međunarodnim organizacijama za kvalitet u visokom obrazovanju;
- predlaganje općih smjernica i kriterija na osnovu kojih se iz budžeta institucija BiH mogu dodjeljivati sredstva visokoškolskim ustanovama za naučnoistraživački rad;
- donošenje pravilnika i drugih akata iz svoje nadležnosti
- raspisivanje javnog konkursa za izbor domaćih i međunarodnih stručnjaka za ocjenjivanje i reviziju kvaliteta te davanje preporuka o akreditaciji visokoškolskih ustanova, odnosno njihovih studijskih programa (u daljem tekstu: stručnjaci);
- osnivanje komisija za utvrđivanje liste stručnjaka koji udovoljavaju kriterijima iz člana 48. alineja 2. ovoga Zakona. Komisija ima pet članova, a čini ga po jedan predstavnik: Rektorske konferencije, jednog kantonalnog ministarstva, ministarstva Republike Srpske, Brčko Distrikta BiH, te predstavnik Agencije;
- dostavu utvrđene liste stručnjaka na usvajanje svim ministarstvima obrazovanja u Bosni i Hercegovini i nadležnom odjelu Brčko Distrikta BiH;
- imenovanje stručne komisije, na osnovu prijedloga nadležnih obrazovnih vlasti u vezi s izborom stručnjaka s utvrđene liste stručnjaka;
- davanje preporuke nadležnim obrazovnim vlastima o akreditaciji visokoškolske ustanove, odnosno studijskog programa, na osnovu mišljenja stručne komisije;
- postupak i rješenje o akreditaciji i licenciranju visokoškolskih ustanova koje donose ministarstvo Republike Srpske, kantonalna ministarstva i Brčko Distrikt BiH, u skladu s članom 48. alineja 1. ovoga Zakona;
- ocjenu usklađenosti rješenja o akreditaciji s normama i kriterijima iz člana 48. alineja 1. ovoga Zakona te u slučaju utvrđene neusklađenosti, davanje preporuke Upravnom odboru za poduzimanje daljih mjera, sve do mjere poništenja rješenja o akreditaciji. Žalbu na rješenje o poništenju rješenja o akreditaciji nadležne obrazovne vlasti podnose Upravnom odboru Agencije;
- vođenje državnog registra akreditiranih visokoškolskih ustanova;
- stalnu dostupnost na svojoj internetskoj stranici liste akreditiranih visokoškolskih ustanova u Bosni i Hercegovini i njezinu objavu najmanje jednom godišnje u "Službenom glasniku BiH", a najmanje dva puta godišnje u trima visokotiražnim dnevnim novinama.
- Agencija donosi naputak o obliku i sadržaju diplome i dodatka diplome koje izdaju akreditirane visokoškolske ustanove.