Devet kriterija za akreditaciju definišu standarde koje visokoškolske ustanove trebaju dostići da bi pokazale da kredibilno obavljaju obrazovnu djelatnost, a što će ocjenjivati nezavisni stručnjaci. U skladu sa Okvirnim zakonom o visokom obrazovanju utvrđena je Lista stručnjaka koju su usvojila sva ministarstva obrazovanja u BiH. Agencija je provela i inicijalnu obuku stručnjaka koji će u procesu akreditacije obavljati reviziju kvaliteta i ocjenjivati razvoj i strategiju visokoškolske ustanove, sistem unutrašnjeg osiguranja kvaliteta, procedure za ocjenjivanje studijskih programa, procedure za ocjenjivanje studenata, ljudske i fizičke resurse, informacioni sistem, prezentaciju informacija za javnost i međunarodnu saradnju. Usvojeni kriteriji za akreditaciju su jedinstveni i obavezni za sve visokoškolske ustanove u BiH i od stepena njihove ispunjenosti zavisiće preporuka o akreditaciji visokoškolske ustanove.

 Kriteriji za akreditaciju visokoškolskih ustanova rezultat su intenzivnog rada Agencije i opsežnih konsultacija sa predstavnicima akademske zajednice i svih ministarstava nadležnih za visoko obrazovanje u BiH. Konsultacije i pripreme ovog dokumenta provođene su uz tehničku i savjetodavnu pomoć evropskih eksperata iz oblasti osiguranja kvaliteta putem zajedničkog projekta Vijeća Evrope i Evropske komisije „Jačanje visokog obrazovanja u Bosni i Hercegovni III“, kao i Austrijske agencije za razvoj, WUS Austrija, SUS BiH, Tempus projekata i drugih bilateralnih kontakata sa različitim evropskim i regionalnim agencijama za osiguranje kvaliteta koje je do sada uspostavila Agencija.

Koncept osiguranja kvaliteta i akreditacione procedure, pored zakonskih propisa u BiH, moraju zadovoljiti i zahtjeve Evropskih standarda i smjernica za osiguranje kvaliteta kako bi Agencija postala punopravni član Evropske asocijacije za osiguranje kvaliteta, a visoko obrazovanje u BiH dio Evropskog područja visokog obrazovanja.